외환위기가 닥치면서 당시 정부는 공공부문의 혁신을 추진했는데 그중 하나가 공기업 민영화였다.

그 첫 번째 작업으로 정부는 1998년 7월3일 11개 공기업의 민영화 계획을 발표했고 이중 포항제철과 한국중공업, 한국종합화학, 국정교과서, 한국종합기술금융 등 5개 공기업과 21개 자회사를 민간에 매각하며 경영권을 넘겼다.

송유관공사는 한국전력이나 지역난방공사 등 나머지 6개 공기업들과 함께 2002년까지 단계적으로 민영화하는 대상에 포함됐다.

당시 정부는 전국적인 송유관로 건설이라는 회사의 설립목적이 사실상 완료돼 상업성이 확보됐다는 판단아래 이 회사의 경영권을 욕심 낼 국내외 자본이 있다고 판단하고 자회사인 한국송유관과 통합한 후 2000년에 정부지분을 매각한다는 계획을 수립했다.

하지만 송유관공사의 부실이 심각했던데다 총 49%지분을 가진 정유사와 국내 항공사들이 주주이자 송유관로의 이용자들이라는 특수성이 감안돼 정부는 이들 기존 주주사들에게 지분을 매각하는 방향으로 선회했다.

그 결과 2000년 11월28일 SK와 LG정유(현 GS칼텍스), 현대오일뱅크, 인천정유 등 4개 정유사가 정부 지분 인수에 참여하며 경영권이 민간으로 넘어가는 전환점이 마련됐다.

그 과정에서 당시 정부를 제외하고 민간기업중 최다 지분을 확보했던 SK가 정부 매각지분인 44.24%중 17.74%를 인수해 34%의 지분율을 보유하며 최대 주주로 부상하게 됐고 송유관공사는 현재 SK의 계열사로 편입되어 있다.